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Im Zentrum von Lobeda-Altstadt, der ehemaligen Stadt, befindet sich eine evangelische Kirche „St. Peter“ und das katholische Gemeindehaus „Franziskushaus“, welches an die katholische Gemeinde St. Johannes Baptist Jena angegliedert ist. Bis zur Reformation war Lobeda Sitz eines Dekanates, welches das komplette Gebiet östlich von Jena bis in die Gegend von Eisenberg umfasste. Hervorgegangen ist dieses Dekanat aus einer Urpfarrei. Nach 1525 wurde die evangelische Pfarrei Lobeda mit den Filialen Drackendorf/Ilmnitz, Zöllnitz, Rutha/Sulza und Wöllnitz gebildet. Erst Ende des 16. Jahrhunderts wurden Zöllnitz und Drackendorf eigenständige Pfarreien. In Lobeda-Ost gibt es eine Außenstelle der Missionarinnen Christi.